Masjid Buton pertama kali didirikan pada tahun 1538 M pada masa pemerintahan Sultan Sakiyuddin Darul Alam (La Ngkariyri, Sultan Buton XIX). Masjid yang berukuran 20,6 x 19,40 m merupakan bangunan pusat kegiatan lembaga kesultanan di bidang keagamaan. Para perangkatnya berstatus sebagai aparat kesultanan. Bahan bangunan yang digunakan terdiri dari batu gunung yang tersusun rapi dengan campuran putih telur dan kapur putih. Mesjid ini memiliki 12 pintu. Sementara itu, kayu yang digunakan untuk membangun masjid tersebut berjumlah 313 potong yang diidentikkan dengan jumlah tulang pada tubuh manusia.
Jumlah anak tangga masuk masjid 17 buah, sama dengan jumlah rakaat salat umat Islam dalam sehari. Bedug masjid yang berukuran panjang 99 cm dianalogikan dengan asmaul husna (99 sifat Allah), dan diameter 50 cm dimaknai sama dengan jumlah rakaat salat yang pertama kali diterima Rasulullah. Pasak yang digunakan untuk mengencangkan bedug tersebut terdiri dari 33 potong kayu yang dianalogikan dengan jumlah bacaan tasbih sebanyak 33 kali.
